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更新日誌

[v2.2.0] — 2026-04-12（當前版本）

🔍 Drug 搜尋品質改善

  • drug_name mode 改用 ts_rank_cd + setweight 排序（藥名權重 A、適應症權重 C），取代舊版 ORDER BY license_id，結果現依相關度排序
  • atc_code 正則式放寬：接受 1–7 字元（舊版 2–7），單一字母（如 "C"）現為有效輸入

🌉 RxNorm → TFDA 橋接

  • rxnorm_resolve 與 rxnorm_ingredients 新增 RXCUI→ATC→TFDA 橋接邏輯：
  • 成功時直接回傳台灣 FDA 藥品完整記錄（license_id、manufacturer、indication 等欄位皆填滿）
  • 無 ATC 對應時 fallback 至 RxNorm-only 結果（維持舊行為）
  • 新增 DrugService.search_by_atc_codes(atc_codes: list[str], limit) 方法支援精確 ATC code 批次查詢
  • rxnorm_resolve fallback 現正確套用 limit 參數（舊版 fallback 不受 limit 限制）

🗑️ 移除未使用 embedding 資料表

  • 刪除 drug.license_embeddings：內容由 name + 幾百字 indication 串接而成，向量主要由 indication 決定，同成分多許可證向量幾乎相同；從未被查詢
  • 刪除 drug.atc_embeddings：同樣從未被查詢
  • 新增遷移腳本：db/migrations/2026-04-12_drop_unused_drug_embeddings.sql
  • loader/loaders/embedding_loader.py 移除對應的 embed 段落與 _EMBEDDING_COLUMNS 項目
  • src/drug_service.py 移除 _generate_embeddings() 方法及其呼叫

🔧 其他修復

  • interaction mode：N+1 查詢修復，成分名稱改為單次批次查詢（WHERE rxcui = ANY($1)）
  • _normalize_drug_mode_payload：mode/keyword 改為強制覆蓋（原為 setdefault，導致 bridge path 回傳 mode="atc_codes" 而非呼叫端指定的 mode）

[v2.1.0] — 2026-04-12

🔁 工具整併與命名一致化

  • MCP 對外工具收斂為 30 個（含 health_check）
  • Lab / LOINC 整併為 4 個入口：
  • search_loinc（code / category / specimen / component）
  • query_loinc（detail / reference_range）
  • interpret_lab_result
  • batch_interpret_lab_results
  • RxNorm 三項能力併入 search_drug：
  • rxnorm_resolve（藥名 → RXCUI）
  • rxnorm_ingredients（RXCUI → 成分）
  • interaction（多藥交互作用）
  • Drug、Health Supplement、Guideline、TWCore、SNOMED 相關整併入口維持一致的 mode/section 參數風格

📖 文件與 metadata

  • 更新 README、工具索引、測試題庫與架構文件中的工具數量與入口名稱
  • 補齊 mode 型工具 metadata，包含：
  • mode 用法與參數要求
  • 是否使用 embedding（依 mode 說明）
  • 回傳格式說明
  • Status page 參數表單改進：enum 與 anyOf + enum 皆使用 select

🧱 Drug 載入防呆與重構規格

  • data-loader 新增 RxNorm-first 防呆：
  • load_drug() 前檢查 drug.rx_concepts，未達門檻時阻擋匯入並提示先執行 --rxnorm
  • 新增架構規格文件：
  • docs/architecture/drug-domain-v2-spec.md
  • 定義 Drug Domain V2（RxNorm-first）資料模型、匯入順序、遷移策略

🗃️ Drug 無資料遺失遷移

  • 新增 migration：db/migrations/2026-04-12_drug_schema_no_loss.sql
  • 舊 rxnorm.* 自動併入 drug.rx_*
  • 寫入前先備份異常/重複列到 migration_backup.*
  • 對齊 db/schema.sql：NOT NULL、FK、documents.doc_type='insert'、去重索引
  • FDA 藥品匯入寫入策略調整：
  • loader/loaders/drug_loader.py、src/drug_service.py 子表 insert 改為 ON CONFLICT DO NOTHING
  • 避免來源重複列在新唯一索引下造成匯入失敗

[v2.0.0] — 2026-04-08

✨ 新增功能

基礎架構全面升級（PostgreSQL + pgBouncer + Redis + Prometheus）

  • 從 SQLite 遷移至 PostgreSQL 16，支援生產環境高並發
  • 新增 pgBouncer 連線池（transaction mode，500 client → 30 PG 連線）
  • 新增 Redis 7 回應快取（@cached 裝飾器，TTL 策略）
  • 新增 Prometheus 指標（mcp_tool_requests_total、mcp_tool_duration_seconds 等）
  • 新增結構化 JSON 日誌（src/utils.py，輸出至 stderr）
  • 新增稽核日誌（src/audit.py，@audited 裝飾器，SHA-256 參數雜湊，HIPAA 合規）

新增服務與工具（本版本新增 14 個 MCP 工具；後續版本已再整併入口）

  • SNOMED CT Service（4 個工具）— 概念搜尋、上下層脈絡、屬性關聯、ICD-10 雙向對應
  • RxNorm Drug Interaction Service（3 個工具）— 藥物交互作用檢查、名稱解析、成分查詢
  • TWCore IG Service（1 個工具）— 30+ 台灣健保 CodeSystem 查詢

資料載入器（Data Loader）

  • 新增獨立 Docker 容器（profiles: [loader]）
  • 支援 --icd、--loinc、--twcore、--guideline、--snomed、--rxnorm、--drug、--health-food、--food-nutrition、--fda、--all
  • 直接連接 PostgreSQL（繞過 pgBouncer）適合大量寫入

新增資料集

  • SNOMED CT International RF2（20250601，370,000+ 概念）
  • RxNorm Full Release（2024-06-03）
  • TWCore IG v1.0.0（衛福部，30+ CodeSystem）
  • ICD-10-CM 2025（NLM）
  • LOINC 2.80（Regenstrief Institute）

🔧 修復

FDA 藥品同步去重（Bug Fix）

  • FDA Open Data 原始資料包含重複 license_id，導致 DUPLICATE KEY 錯誤
  • 修復：寫入前使用 seen_ids set 去重，確保每個 license_id 只寫入一次
  • 現可成功同步 66,266 筆不重複藥品許可證

FastMCP Lifespan-per-Session 冪等性修復（Bug Fix）

  • FastMCP streamable-http 模式對每個 MCP session 執行 lifespan，導致：
  • Prometheus port 重複綁定（Address already in use）
  • 多個 DrugService 實例同時執行 sync，觸發 duplicate key
  • 多個 scheduler 實例同時啟動
  • 修復：
  • server.py：_init_lock + _initialized 全域 flag，只有第一個 session 執行初始化
  • database.init_pool()、cache.init_client()：idempotent，已初始化則回傳現有實例
  • metrics.start_metrics_server()：_metrics_server_started flag
  • 各 sync service：asyncio.Lock 防並發，if not scheduler.running 防重複啟動

FDA 同步兩階段寫入（架構改善）

  • 重寫 DrugService、HealthFoodService、FoodNutritionService
  • 所有 HTTP 請求完成後才開始 DB transaction（防止部分寫入狀態）
  • 使用共享 httpx.AsyncClient 提升效率

ICD-10-PCS 整合

  • 從 CMS 下載 icd10pcs_tables_2025.zip（78,948 筆手術碼）
  • --icd loader 同時載入 ICD-10-CM（診斷碼）和 ICD-10-PCS（手術碼）
  • icd_loader.py 新增 load_icd10pcs()，解析 CMS flat codes 格式（7碼 + 說明）
  • file picker 優先排除 addenda 差異表，選取主要碼表
  • ICDService._pcs_available flag：PCS 未載入時工具回傳說明性訊息而非錯誤

🏗️ 架構變更

  • Docker Compose 新增 pgBouncer 服務（edoburu/pgbouncer）
  • Dockerfile 改為多階段建置（builder + runtime），非 root 使用者執行
  • fhir-code/ 目錄整理：所有子目錄改為小寫，各資料集歸類至獨立子目錄
  • data-loader 移至獨立 Docker 容器（Dockerfile.loader）

📖 文件更新

  • 完整重寫 README.md、CLAUDE.md、src/README.md
  • 更新 docs/ 下所有主要文件（架構、部署、工具清單、資料來源）
  • 新增 fhir-code/README.md（資料集說明與授權連結）

[v1.1.0] — 2026-01-21

✨ 新增功能

  • 統一配置管理系統（src/config.py）
  • 支援 streamable-http 傳輸模式
  • .env.example 範本檔案
  • TWCore IG Service（初版）

[v1.0.0] — 初始版本

  • ICD-10 診斷與手術碼查詢（SQLite）
  • 台灣 FDA 藥品、健康食品、營養資料
  • LOINC 檢驗碼
  • FHIR R4 Condition/Medication 轉換
  • 台灣臨床診療指引
  • 32 個 MCP 工具